在現今生物相關產業的實務上，不論是已成熟的生物產業（如醱酵、畜牧、養殖、食品加工或田間農業設施機具等）或是新興科技(如物聯網、大數據分析、人工智慧、智慧農業)、生醫技術（如藥物控制釋放、神經電訊號分析、居家護理或遠距醫療之生理監控技術、輔具義肢等）的各個層面，包括產品開發、品質提升、加工增值、量產製程以及運輸倉儲，在在都需要各式儀器、設備作為研發、製造及加工的硬體基礎，也需要植基於數理邏輯的分析與控制技術作為最佳化實務之軟體實力。而這些「硬體基礎」和「軟體實力」，就是機電工程技術整合運用的兩個具體發揮對象。從這個方向思考，我們對所要培育的「生物機電工程」人才之定位即為，專業於機電工程技術，有能力了解生物產業內涵，能整合並落實知識於儀器設備的開發與活用、精進分析與控制的方法，將機電工程技術轉換為提升生物產業產值的利器，實際在產業相關的基礎研究、質精化量產、加工增值與保值運輸等各個層面發揮功能。

也因此我們一貫的教育目標，就明確定義在「培育出具備生物基礎知識，擁有機電工程專業，並且能整合運用的人才」。本系所培養之畢業生，未來可進入各生物產業甚或一般工業界從事工程技術專業的工作，但不管是在哪個行業，我們期許生機系的畢業生，在面對各式各樣的競爭舞台時，不管是生技的、工程的、或是必須兩者兼俱的，都能擁有扮演好自己角色的能力。