本系的課程具有跨領域的特性，重視科技的整點應用。由於課程內容涵蓋生物、機械、電機電子等廣泛領域，教學上必須掌握重點。大學部學生畢業總學分下限為128學分，其中共同必修30學分，專業必修52學分，專業選修46學分，大學部學生須就生物產業機械、控制及生物醫學應用三組課群，至少選修2組課群各21學分。專選7學分可修本系專業選修(不分課群)、本校各系專業必選修，作為畢業主修門檻。學生於三類課群屬性中可選定二類作為核心課程，並在系定選修課程內，儘量以實習課配合。在課程中則加入設計類課程，以期訓練學生之邏輯思考及分析判斷能力。同時為驗收訓練成果，特開闢「專題研究」課程，「專題研究」以務實性內容為主，強調其實用性及功能性；選修課程則配合各類必修課程，以課群屬性分類並依比例搭配於各類之核心系列課程內。

本系各課程與職涯之關聯性，有效的協助學生瞭解自己的職涯發展方向，有目標的進行課程的選讀並提升其學習興趣，以達就業職能培養之成效，建立本系課程地圖及職涯進路圖。

職涯進路圖(進入)

生機系課程地圖(修課順序)(進入)

＊學士班＊
113學年度入學學士班課程進路圖(進入)

＊碩士班＊

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