教學目標與核心能力
教育目標:
學士班部分:
培育具有機電相關專業知識技能與生物科技相關基礎知識及國際觀與工程和學術倫理觀念，可為各相關產企業，特別是農、林、漁、牧、生醫等生物與生命相關產企業，及各學研機構所用，並能進一步學習深造的工程人才。
碩士班部分:
培育具有進階機電及生物科技相關專業知識技能及國際觀與工程和學術倫理觀念，能獨立思考分析創造，從事研究，可為各相關產企業，特別是農、林、漁、牧、生醫等生物與生命相關產企業，及各學研機構所用，並能進一步自我學習精進的工程與科研人才。
核心能力
本系訂定出學生應該具有的，能對應到教育目標的七項核心能力為：
學士班部分:
1. 運用數理邏輯分析問題的能力。
2. 具備與工程及生物領域產學界人士溝通之能力。
3. 運用基礎生物知識之能力。
4. 運用機械工程專業知識之能力。
5. 運用電機、電子與資訊工程專業知識之能力。
6. 整合跨領域技術之能力。
7. 具有專業倫理、社會責任感與國際觀。
碩士班部分:
1. 解決問題的能力。
2. 創新思考的能力
3. 終身學習的能力。
4. 撰寫專業論文的能力。
5. 策劃執行專題研究的能力。
6. 跨領域整合機電工程與生物專業知識應用於相關產業的能力。
7. 前瞻性國際觀與社會關懷素養。
在課程規劃上，除基於核心能力養成的目標要求，亦在兼顧生物機電專業知識及學生未來職涯發展之雙向考量之下，訂定出專業必修及專業選修課程。並基於系上現有師資的學術專長以及學校其他相關系所的學習資源，進一步規劃出「生物產業機械課群」、「生物產業控制課群」、「生物醫學應用課群」等三個專業學分課群，以引導學生依據自身興趣與未來職涯規劃之需求進行模組式選課，協助學生能擁有完整的專業學習與均衡的核心能力之養成。
